Niedługo po porzuceniu przez niego wszelkiego rodzinnego dobytku dołączyli do niego inni towarzysze. Troszczyli się o trędowatych żyjących poza Asyżem i naprawiali zrujnowane kościoły. Ich życie było niezwykle surowe, ale żyli w niezwykłej radości. Charakterystycznym dla nich był duch służby dla ubogich i wykluczonych oraz wielka ufność w opatrznościową opiekę Boga.

W 1209 r. Franciszek wraz z niewielką grupą pierwszych naśladowców udali się pieszo z Asyżu do Rzymu, aby prosić papieża o zatwierdzenie ich sposobu życia. Papież Innocenty III, po nocnym śnie, w którym ujrzał Franciszka podtrzymującego walącą się Bazylikę Laterańską, zatwierdził ich sposób życia.

Liczba braci i sióstr gwałtownie wzrastała - z maleńkiego kościoła Matki Bożej Anielskiej w Asyżu (zwanego Porcjunkulą) bracia rozprzestrzenili się na całą Europę już za życia św. Franciszka. W początkach działalności misyjnej Zakonu pierwsi męczennicy zostali zabici w Maroku w 1220 r. Sam Franciszek udał się do Ziemi Świętej podczas wypraw krzyżowych, gdzie odbył pełne szacunku spotkanie z sułtanem, rozmawiając z nim o sprawach duchowych.

Na dwa lata przed swoją śmiercią otrzymał na Górze Alwernia stygmaty - zewnętrzne znaki szczególnej relacji z Bogiem i zjednoczenia z Męką Chrystusa. Pomimo ciężkiego stanu zdrowia uwielbiał Boga śpiewem, aż Siostra Śmierć przyszła go odwiedzić w 1226 roku.

Po jego śmierci dyskusje na temat kształtu Zakonu przybrały na sile. Duże kontrowersje wzbudzał ślub ubóstwa i jego rozumienie. Bracia pochodzący spoza Włoch byli świadomi, że aby skutecznie ewangelizować potrzebne jest zaplecze w postaci domów czy księgozbiorów. Tej opinii nie podzielali bracia związani z kolebką zakonu – Asyżem. Oni pragnęli utrzymać prosty sposób życia, na wzór tego, który znali z pierwszych lat istnienia Zakonu. Z czasem wyłonił się nurt franciszkanizmu, zwany konwentualizmem. Bracia konwentualni zaprzestali wędrownego kaznodziejstwa na rzecz duszpasterstwa w dużych ośrodkach. Podział ten usankcjonował się w 1517 r. Następnie spośród braci konwentualnych wyłoniła się w 1525 r. grupa braci, która chciała prowadzić ewangelizację na sposób wędrowny. Charakterystycznym elementem ich życia stała się broda i habit ze stożkowatym kapturem. Pełna niezależność tej trzeciej gałęzi Zakonu została nadana w roku 1619.

Największy rozkwit Zakonu nastąpił w wieku XVIII, kiedy to trzy gałęzie zakonne liczyły łącznie ok. 130 tys. Braci na całym świecie. Dziś jest to około 27 tys. członków.